Dibināts 1945.g.augustā.Pamatyojoties uz LR MK 1999.g.17.11. rīkojumu Nr.531 "Par Valsts sēklu inspekciju un Latvijas Valsts augu šķirņu salīdzināšanas centra reorganizāciju" un LR ZM 1999.g. 22.11. rīkojumu Nr.313 ar 2000.g.1.janvāri centrs tika pievienots Zemkopības ministrijas pārraudzībā esošajam Valsts augu aizsardzības dienestam.
